2008年9月にYahoo!（YST）アルゴリズムの変更（バージョンアップ）がありましたね。
方向としては、サブページ、深い階層のページが上昇する傾向にあるようです。一部SEOスパム的なサイトも上昇しているのが気になりますが、いずれまた改善されることでしょう。